Pendirian Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo di Kabupaten Sidoarjo Jawa Timur diinisiasi oleh PCNU Sidoarjo yang saat itu dipimpin oleh Rois Syuriah KH. Ahmad Rofiq Siroj dan Ketua Tanfidiyah Drs. KH. Abdy Manaf. Selanjutnya, melalui Keputusan PCNU Sidoarjo dibentuklah Yayasan Bhakti Bina Bangsa Sidoarjo (YBBBS) sebagai Badan Penyelenggara UNU Sidoarjo dengan Akta Notaris Endah Retno Damayanti, SH, No. 45 tanggal 17 Oktober 2011. Yayasan Bhakti Bina Bangsa Sidoarjo mendapatkan pengesahaan dari Menteri Hukum dan HAM RI Nomor: AHU-7351.AH.01.04 Tahun 2011 Tanggal 10 Nopember 2011. Ketua Yayasan Bhakti Bina Bangsa Sidoarjo adalah H. Achmad Farich, ST, M.Pd. Langkah awal YBBBS adalah membentuk Tim Penyusun Studi Kelayakan Pendirian Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo yang diketuai Dr. H. Fatkul Anam, M.Si. Tim beranggotakan: (1) Dr. Priyono, P.Pd., (2) Drs.H. Mustain Baladan, M.Pd.I., (3) Drs. H. Samiadji Musa, (4) Drs. H. Saifuddin Affandi M.Pd., (5) Drs. H. Khoifulloh, M.Pd., (6) Ali Masykuri, M.Pd.I., (7) A. Syaiful Anam, S.Pd., M.PdI., (8) Drs. H. Misbahuddin, M.M., (9) Ir. Sigit Pamungkas.M.Si

Selanjutnya Tim ini melakukan kerjasama dengan Tim dari UNU Cirebon, konsultasi dengan Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU), Direktur Kelembagaan Dirjen Dikti Depdikbud dan pihak-pihak lain yang terkait. Tim 9 juga melakukan kerjasama dengan Institut Teknologi 10 Nopember Surabaya, Universitas Airlangga, Universitas Negeri Surabaya, dan Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya, dan instansi terkait.Selanjutnya Tim ini melakukan kerjasama dengan Tim dari UNU Cirebon, konsultasi dengan Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU), Direktur Kelembagaan Dirjen Dikti Depdikbud dan pihak-pihak lain yang terkait. Tim 9 juga melakukan kerjasama dengan Institut Teknologi 10 Nopember Surabaya, Universitas Airlangga, Universitas Negeri Surabaya, dan Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya, dan instansi terkait.

Dokumen studi kelayakan pertama kali diajukan kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan c.q. Direktur Kelembagaan Dirjen Dikti pada tanggal 25 Nopember 2011. Pada studi kelayakan yang pertama ini diajukan 17 program studi antara lain: (1) Teknik Industri, (2) Teknik Kimia, (3) Teknik Lingkungan, (4) Teknik Informatika, (5) Sistem Informasi, (6) Desain Grafis, (7) Manajemen, (8) Akuntansi, (9) Pendidikan Guru SD, (10) Pendidikan bahasa Inggris, (11) Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan, (12) Budidaya Perikanan, (13) Hukum, dan (14) Ilmu Komunikasi, (15) Ilmu Gizi, (16) Ilmu Kebidanan, dan (17) Keperawatan. Program studi tersebut tergabung dalam 7 Fakultas, yaitu: (1) Fakultas Teknik, (2) Fakultas Ilmu Komputer, (3) Fakultas Ekonomi, (4) FKIP, (5) Fakultas Hukum, dan (6) Fakultas Ilmu Komunikasi, dan (7) Fakultas Ilmu Kesehatan.

Atas saran dari Prof. Dr. Moh. Nuh, DEA (Menteri Pendidikan dan Kebudayaan) dan Saiful Illah, SH, M.Hum (Bupati Sidoarjo), dalam rangka mengakomodir tokoh-tokoh Nahdlatul Ulama dalam kepengurusan YBBBS dan mengikatkan diri bahwa Badan Penyelenggaran UNU Sidoarjo sekaligus pemilik adalah Nahdlatul Ulama maka selanjutnya dibentuklah Yayasan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo dengan Akta Notaris Saiful Munir, SH No. 40 tanggal 10 Desember 2013. Yayasan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo mendapatkan pengesahaan dari Menteri Hukum dan HAM RI Nomor: AHU-8271.AH.01.04 Tahun 2013 Tanggal 9 Desember 2013. Ketua Yayasan Pendidikan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo adalah H. Achmad Farich, ST, M.Pd.Atas saran dari Prof. Dr. Moh. Nuh, DEA (Menteri Pendidikan dan Kebudayaan) dan Saiful Illah, SH, M.Hum (Bupati Sidoarjo), dalam rangka mengakomodir tokoh-tokoh Nahdlatul Ulama dalam kepengurusan YBBBS dan mengikatkan diri bahwa Badan Penyelenggaran UNU Sidoarjo sekaligus pemilik adalah Nahdlatul Ulama maka selanjutnya dibentuklah Yayasan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo dengan Akta Notaris Saiful Munir, SH No. 40 tanggal 10 Desember 2013. Yayasan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo mendapatkan pengesahaan dari Menteri Hukum dan HAM RI Nomor: AHU-8271.AH.01.04 Tahun 2013 Tanggal 9 Desember 2013. Ketua Yayasan Pendidikan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo adalah H. Achmad Farich, ST, M.Pd.

Selanjutnya dokumen studi kelayakan yang sudah direvisi diajukan kembali kepada Menteri Pendidikan dan Kebudayaan c.q. Direktur Kelembagaan Dirjen Dikti pada tanggal 20 Desember 2013. Pada studi kelayakan yang sudah direvisi ini diajukan 14 program studi antara lain: (1) Teknik Industri, (2) Teknik Kimia, (3) Teknik Lingkungan, (4) Teknik Informatika, (5) Sistem Informasi, (6) Desain Grafis, (7) Manajemen, (8) Akuntansi, (9) Pendidikan Guru SD, (10) Pendidikan bahasa Inggris, (11) Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan, (12) Budidaya Perikanan, (13) Hukum, dan (14) Ilmu Komunikasi. Program Stusi terswbut tergabung dalam 6 Fakultas, yaitu: (1) Fakultas Teknik, (2) Fakultas Ilmu Komputer, (3) Fakultas Ekonomi, (4) FKIP, (5) Fakultas Hukum, dan (6) Fakultas Ilmu Komunikasi. Pada pengajuan ini Badan Penyelenggara UNU Sidoarjo adalah Yayasan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo. Usulan studi kelayakan ini mengalami 8 (delapan) kali revisi dan berhenti karena Yayasan Pendidikan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo tidak dapat melengkapi dokumen Bank Garansi sebesar 12,6 milyar rupiah.

Setelah melalui beberapa konsultasi dengan PBNU maka Pengurus Besar Nahdlatul Ulama menyediakan bank garansi dari BRI sejumlah 52 milyar rupiah yang digunakan bersama untuk pendirian 10 UNU baru di Indonesia. Sebagai konsekuensi kelembagaan maka Yayasan Pendidikan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo sebagai Badan Penyelenggara UNU Sidoarjo menyerahkan Badan Penyelenggara kepada PBNU. Hal ini dituangkan dengan Surat No: 16/YPNU/II/2014 tanggal 7 Februari 2914 dari yayasan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo kepada Direktur Jendral Pendidikan Tinggi Depdikbud yang berisi perubahan Badan Penyelenggara UNU Sidoarjo menjadi Perkumpulan Nahdlatul Ulama.

Kemudian, Melalui surat PBNU Nomor 380/B.IV.01/04/2014 tanggal 22 April 2014 mengundang Ketua Panitia Pendirian UNU Sidoarjo untuk presentasi di Kantor PBNU. Selanjutnya tanggal 24 April 2014, Panitia diundang oleh Dirjen Dikti Kemdikbud untuk presentasi Usulan Pendirian dan Perubahan Bentuk PT di Hotel Milenium Jakarta. Dan terakhir dilakukan visitasi ke Kampus UNU Sidoarjo terkait kelayakan Pendirian UNU Sidoarjo oleh Tim Dirjen Dikti Kemdikbud pada 2 Juli 2014. Setelah disampaikan perbaikan proposal terbitlah Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 195/E/O/2014 tentang Izin Pendirian Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo di Kabupaten Sidoarjo Provinsi Sidoarjo yang diselenggarakan oleh Perkumpulan Nahdlatul Ulama disingkat NU di Provinsi daerah Ibukota Jakarta, Tanggal 4 Juli 2014. Melalui SK Mendikbud Nomor 195/E/O/2014 disetujui 10 Program Studi, yaitu: (1) Teknik Industri, (2) Teknik Kimia, (3) Teknik Lingkungan, (4) Teknik Informatika, (5) Sistem Informasi, (6) Desain Grafis, (7) Manajemen, (8) Akuntansi, (9) Pendidikan Guru SD, dan (10) Pendidikan Bahasa Inggris. Dalam proses pendiriannya terjadi dinamika perubahan Badan Penyelenggara dari Yayasan Bhakti Bina Bangsa Sidoarjo menjadi Yayasan Pendidikan Nahdlatul Ulama Sidoarjo, dan terakhir menjadi Perkumpulan Nahdlatul Ulama. Hal ini menjadi khasanah dalam penyelenggaraan dan pengelolaan UNU Sidoarjo.

Dalam SK Mendikbud Nomor 195/E/O/2014 tersebut, terjadi ketidaksesuaian nama program studi Desain Grafis dengan nomenklatur, sehingga melalui SK Mendikbud Nomor 178/KPT/I/2016, nama program studi Desan Grafis berubah menjadi Desain Komunikasi Visual.

Dengan terbitnya izin pendirian UNU Sidoarjo, maka Badan Penyelenggara (PBNU) menerbitkan keputusan Nomor: 67/A.II.04.d/05/2016 tentang pengesahan Badan Pelaksana Pengelola Pendidikan Tinggi (BPPPT) UNU Sidoarjo periode 2016-2021, dan Keputusan Nomor 497/A.II.04.d/012/2014 tentang Pengangkatan Rektor Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo periode 2014-2019. Dengan demikian Dr. Fatkul Anam, M.Si. adalah Ketua Tim Penyusun Studi Kelayakan Pendirian Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo sekaligus Rektor pertama Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo.

Dalam Proses penyelenggaraan UNU Sidoarjo, pertama kali Rektor menggunakan Statuta UNU Sidoarjo tahun 2014 yang digunakan pada saat usul pendirian sebagai landasan penyusunan peraturan dan prosedur operasional di UNU Sidoarjo, dan pada tahun 2016 dilakukan revisi Statuta, terakhir dilakukan revisi Statuta yang disusun berdasarkan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, Dan Pendidikan Tinggi Nomor 16 Tahun 2018 Tentang Pedoman Tata Cara Penyusunan Statuta Perguruan Tinggi Swasta.

Dalam rangka meningkatkan efektivitas dan efesiensi pengelolaan UNUSIDA untuk mempersiapkan Akreditasi Prodi dan AIPT selanjutnya PBNU menerbitkan SK Pengesahan Badan pelaksana Pengelola UNU Sidoarjo nomor: 67.a/A.II.04.a/05/2018 tentang Pengesahan Badan Pelaksana Pengelola Universitas Nahdlatul Ulama Sidoarjo (UNUSIDA) Periode 2016-2021.